Tiền thân của Báo Công Thương là Tờ tin Mặt trận Kinh tế[2][3][4], một trong những tờ báo tiền thân đã xuất bản hai số đầu tiên vào tháng 10, tháng 12 năm 1948 giữa chiến khu Việt Bắc, đánh dấu mốc son và bề dày truyền thống vẻ vang của Báo Công Thương, một trong những tờ báo ra đời sớm nhất so với báo chí của các bộ ngành khác.
Tháng 11/1951, trên cơ sở tờ tin Mặt trận Kinh tế, Tập san Công Thương được xuất bản và phát hành số đầu tiên tại chiến khu Việt Bắc.
Tháng 9 năm 1955, Bộ Công Thương được tách ra làm hai Bộ Thương nghiệp và Bộ Công nghiệp. Theo đó, Tập san Công Thương cũng chuyển thành Báo Thương nghiệp.
Giữa năm 1990, các Bộ Nội thương, Kinh tế đối ngoại, Vật tư hợp nhất thành Bộ Thương nghiệp (sau là Bộ Thương mại) và tháng 7/1990, ba tờ báo ngành cũng được hợp nhất và đổi tên là Báo Thương mại.
Giữa năm 1996, Báo Công nghiệp Việt Nam - Cơ quan của Bộ Công nghiệp - cũng được thành lập cùng với Báo Thương mại là cơ quan ngôn luận của hai Bộ kinh tế mũi nhọn của đất nước.
Ngày 31 tháng 7 năm 2007 hợp nhất Bộ Công nghiệp với Bộ Thương mại thành Bộ Công Thương, ngày 14 tháng 2 năm 2008, Bộ trưởng Bộ Công Thương đã ký Quyết định số 0959/QĐ-BCT hợp nhất Báo Thương mại và Báo Công nghiệp Việt Nam thành Báo Công Thương.
Ngày 31 tháng 3 năm 2008, Báo Công Thương đã làm Lễ ra mắt giới thiệu ấn phẩm mới và phát hành chính thức vào ngày 1 tháng 4 năm 2008.
